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Schon der Name der Stadt "Waldkirchen" deutet auf die enge Verbindung zwischen der Stadt und der Kirche hin. Obwohl die genaue Gründungsgeschichte im Dunkeln liegt, ist sicher, dass diese Kirche seit Jahrhunderten eine wichtige Rolle in Waldkirchen spielt.
Die Pfarrkirche St. Petrus und Paulus ist ein wichtiger Bestandteil des kulturellen Erbes von Waldkirchen und der Region. Sie ist ein Symbol für die lokale Geschichte und Tradition und trägt zur Identität vieler Einzelpersonen und dem Stolz der ganzen Stadt bei. Sie ist nicht nur ein bedeutendes historisches Gebäude, sondern auch ein wichtiger Teil des Stadtbilds von Waldkirchen. Der Kirchturm ist schon von weitem sichtbar und ein markantes Erkennungsmerkmal der Stadt Waldkirchen. Deswegen ziert sie auch das Stadtwappen.
Die heute bestehende Pfarrkirche wurde im 19. Jahrhundert errichtet, nachdem die alte Kirche durch einen Brand zerstört wurde. Im Krieg zerbombt, wurde sie als eines der ersten Gebäude der Innenstadt durch eine geballte Gemeinschaftsleistung der gesamten Bevölkerung bis 1948 wieder aufgebaut. Im Jahr 1975 bis in die Anfänge der 1980 wurde die Kirche am Dach und im Innenraum in ihre aktuelle Architektur gewandelt. Vor allem die dabei eingebrachten Neuerungen im Innenraum trägt die Handschrift des Künstlers und Bilderhauers Leopold Hafner ( † 4. November 2015).
Wegen der Größe (65 m Länge, 34 m Breite und 67 m Turmhöhe), wird die Kirche auch der Dom des Bayerischen Waldes genannt und zählt zu den größten Sakralbauten der Diözese Passau.
Die Pfarrkirche ist nicht nur ein weithin sichtbares Gebäude, sondern auch ein Ort des Glaubens und der Gemeinschaft. Viele Menschen haben hier im Laufe der Jahrhunderte ihre spirituelle Heimat gefunden und feiern auch heute noch Gottesdienste oder genießen den Flair dieses schlichten neugotischen Sakralbaus bei einem Konzertbesuch. Auch ist diese Kirche ein wichtiger Bestandteil für den Tourismus in der Region. Viele Besucher kommen nach Waldkirchen, um die mächtige Kirche und ihre Architektur und die außerordentliche Orgel zu besichtigen und darin zu verweilen.